色譜柱是液相色譜的心臟，在液相色譜儀的使用中，保持色譜柱的柱效、容量和滲透粉性，延長柱子的使用壽命非常重要。因此對液相色譜柱的維護是關鍵。因為樣品中經常會含有能夠吸附在色譜柱固定相上的雜質化合物，所以應該經常對色譜柱進行清洗或沖洗。當色譜柱在多次進樣后顯示出柱效降低時，有必要采用適當的流動相對色譜柱進行處理，沖洗除去吸附在固定相上的污染物和樣品殘余物。
方法如下：
1.將色譜柱從系統上取下，反向連接到輸液泵上。色譜柱出口不要連接到檢測 器上，以免污染檢測器流動池。
注意：大多數的硅膠基質色譜柱反相沖洗沒有問題，但是聚合物基質色譜柱并不能如此操作，在反相沖洗色譜柱之前后與色譜柱生產商確認，反向沖洗流動相流速不要太大。
2.沖洗溶劑的選擇要考慮分析的樣品和使用的流動相條件，一般清洗流動相強度應該比流動相更強，但是條件應該盡可能的溫和。
A. 用適當的溶劑沖洗色譜柱的鹽和強添加劑。
B. 用比分析流動相更強的溶劑沖洗，該溶劑與流動相組成相同但不含鹽和酸。
C. 如果認為B沒能*清洗干凈色譜柱，用100％zui強溶劑沖洗。
在清洗色譜柱時，用與流動相組成相同的溶劑，但是如果使用其他的溶劑，重要的是要考慮到溶劑之間的互溶性，另外不要用強酸和強堿。
下圖是采用不同洗脫能力的流動相沖洗色譜柱時的色譜圖，可見色譜柱上的雜質逐漸被洗脫下來。
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